home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9605d.zip / M9650937.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-03-30  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0937
  2.  DOCN  M9650937
  3.  TI    Reciprocal relationship between stem-loop potential and substitution
  4.        density in retroviral quasispecies under positive Darwinian selection.
  5.  DT    9505
  6.  AU    Forsdyke DR; Department of Biochemistry, Queen's University, Kingston,;
  7.        Ontario, Canada.
  8.  SO    J Mol Evol. 1995 Dec;41(6):1022-37. Unique Identifier : AIDSLINE
  9.        MED/96139037
  10.  AB    Nucleic acids have the potential to form intrastrand stem-loops if
  11.        complementary bases are suitably located. Computer analyses of
  12.        poliovirus and retroviral RNAs have revealed a reciprocal relationship
  13.        between statistically significant stem-loop potential and sequence
  14.        variability. The statistically significant stem-loop potential of a
  15.        nucleic acid segment has been defined as a function of the difference
  16.        between the folding energy of the natural segment (FONS) and the mean
  17.        folding energy of a set of randomized (shuffled) versions of the natural
  18.        segment (FORS-M). Since FONS is dependent on both base composition and
  19.        base order, whereas FORS-M is solely dependent on base composition (a
  20.        genomic characteristic), it follows that statistically significant
  21.        stem-loop potential (FORS-D) is a function of base order (a local
  22.        characteristic). In retroviral genomes, as in all DNA genomes studied,
  23.        positive FORS-D values are widely distributed. Thus there have been
  24.        pressures on base order both to encode specific functions and to encode
  25.        stem-loops. As in the case of DNA genomes under positive Darwinian
  26.        selection pressure, in HIV-1 specific function appears to dominate in
  27.        rapidly evolving regions. Here high sequence variability, expressed as
  28.        substitution density (not indel density), is associated with negative
  29.        FORS-D values (impaired base-order-dependent stem-loop potential). This
  30.        suggests that in these regions HIV-1 genomes are under positive
  31.        selection pressure by host defenses. The general function of stem-loops
  32.        is recombination. This is a vital process if, from among members of
  33.        viral quasispecies, functional genomes are to be salvaged. Thus, for
  34.        rapidly evolving RNA genomes, it is as important to conserve
  35.        base-order-dependent stem-loop potential as to conserve other functions.
  36.  DE    Base Sequence  Computer Simulation  Models, Theoretical  *Nucleic Acid
  37.        Conformation  Polioviruses/*GENETICS  Recombination, Genetic
  38.        Retroviridae/*GENETICS  RNA, Viral/*GENETICS  Support, Non-U.S. Gov't
  39.        JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.